Le lagon de Mataiva s’étale sur 25 km2, (2500ha) et se décompose de nombreux bassins qui donne son caractère si particulier. Le lagon s’ouvre sur l’océan au nord-ouest par une passe et au sud-est et 8 hoa d’où l’atoll tire son nom : Mata Hiva, qui signifie les « neuf yeux »
Le lagon de l’atoll de Mataiva est composé d’un ensemble de bassins plus ou moins isolés les uns de autres. Ces bassins sont environ au nombre de 70 et présentent une surface moyenne de 20 hectares avec une profondeur moyenne de 8 mètres. Les surélévations sédimentaires qui forment les cloisons de ces bassins présentent de très fortes pentes de l’ordre de 50%. Leurs sommets s’arrêtent à environ 50 cm en moyenne de la surface de l’eau. La largeur de ses cloisons varient de quelques mètres à plusieurs centaines de mètres, formant ainsi de véritables platiers.
Le lagon se décompose alors d’une surface de bassins de 1300 ha environ de 8 m profondeur moyenne et une surface de cloison de 1200 ha environ dont les sommets se situent en moyenne à 50 cm de la surface de l’eau. Le volume d’eau de 100 million de m3 demeure faible par rapport à sa surface. Le taux de renouvellement de l’eau de mer est faible du fait de ce cloisonnement et que Mataiva est un atoll presque fermé. La passe au nord-ouest (courant sortant) et les hoa (courant entrant) de Sud-Est de l’île permettent la liaison entre le lagon et l’océan.