La partie Est du lagon de Fangatau est la plus peuplée en bénitiers, mais en raison d’une turbidité importante de l’eau il ne se retrouvent pas au-delà de 3 à 5 mètres de profondeur.
Aux alentours du village, les hoa donnent une eau plus claire et les bénitiers se développent jusqu’à une dizaine de mètres de profondeur. Cette partie Est du lagon présente un réseau unique de bassins et de murs spécifiques aux atolls fermés des Tuamotu de l’Est (Napuka, Tatakoto, Fakahina). Ces structures fournissent un habitat idéal pour les tridacnes.
Si les bénitiers à coquille jaune sont retrouvés aussi bien aux Tuamotu de l’Est qu’aux îles Australes et dans l’archipel de la Société, il est remarquable de rencontrer à Fangatau un certain pourcentage (faible) de bénitiers à coquille interne rose, orange (rare) ou verte (exceptionnel), comme dans d’autres atolls à bénitiers.
